黄芩是一种多年生草本植物,根茎厚,肉质,直径2厘米,细长,分枝,茎基部平卧,上升,高30 ~ 120厘米,基部直径2.5-3毫米,钝四边形,细条纹,几乎无毛,或向上弯曲至平展微柔毛,绿色或略带紫色,基部有许多分枝。
黄芩的叶坚呈纸质,披针形至线状披针形,长1.5 ~ 4.5厘米,宽0.5 ~ 1.2厘米,顶端钝,基部圆,全缘,顶端深绿色,无毛或稀疏地附着于平展的被微柔毛上,底部淡,中脉无毛或稀疏地被微柔毛,密被凹陷的腺点覆盖,4对侧脉,在中脉上方凹陷,在中脉下方突出。
黄芩的花序顶生在茎和枝上,总是在茎的顶端丛生成圆锥花序。花梗长3毫米,被微柔毛,有序轴。苞片下部呈叶状,上部小得多。它是卵圆形披针形到披针形,几乎无毛。花冠紫色,紫红色至蓝色,长2.3 ~ 3厘米。在囊性扩张处,其外部密被腺状短柔毛,内部密被短柔毛
黄芩的小坚果为卵圆形,高1.5毫米,直径1毫米,暗褐色,瘤状,靠近基部的腹侧有脐,7-8月开花,8-9月结果。
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